〇まなびネット上で、複数の講義で、共通のレポートを出す場合、講義毎ではなく、１つの窓口に集約はできますか？

コースをひとつにすれば可能です。

各クラスで締切が異なる、配付する資料が異なるなどといったことがなければ、コースをひとつ作成し、そこに対象となる全学生を登録することで集約できます。